"Test azkarrek minutu gutxitan ematen dute emaitza, baina fidagarritasun arazo bat izan dute hasiera batean"
Koronabirusa antzemateko PCR testen eboluzioa jarraitu du gernikarrak Alemaniatik, eta gaur egun fidagarriak direla dio; baita helburua dela prozesua automatizatzea eta test denbora laburtzea.
Biologia molekularra baliatzen da diagnostiko klinikoak egiteko, baita SARS-CoV-2 birusa detektatzeko?
Bai, biologia molekularrean oinarritzen diren teknikak birusa detektatzeko balio dute. Biologia molekularra bizitza osatzen duten molekulen ikerketa da; hala nola, azido nukleikoak eta proteinak. Birusak bizitzaren ertzean dauden nanoegiturak dira, eta horiek infektatzen dituzten zelulak bezala, material genetikoa (DNA edo RNA) eta proteinez eta lipidoz osaturiko babes geruza bat dute. Birusa zuzenean antzematea zaila da, ile baten lodiera baino mila aldiz txikiagoa baita. Horren ordez, birusaren material genetiko zehatza anplifikatu daiteke polimerasaren kate erreakzio bidez (PCR), edo test antigenikoekin birusa osatzen duten antigenoak (proteinak) detektatuz. Gure erantzun immunologikoari esker, birusaren aurka ekoizten ditugun antigorputzak ere antzeman daitezke test serologikoekin.
Koronabirusa antzematen duten testen eboluzioa arin eman da?
Eboluzioa oso azkarra izan da. Abenduan koronabirus berria antzeman eta urtarrilaren 10ean jada horren genoma sekuentziatu eta argitaratu zuten txinatarrek. Hiru egunera Berlineko Charité ospitalean garatuta zegoen SARS-Cov-2 a detektatzeko PCR proba diagnostikoa. OMEk handik gutxira protokolo hori argitaratu zuen munduan zehar koronabirusa detektatzeko. Mundu mailako kolaborazioa hain denbora gutxian benetan harrigarria izan da. PCR testak laborategi zentralean egiten dira, pertsonal espezializatua behar dute eta denbora asko lagina hartu eta emaitza lortzeko (4-24 ordu). Horregatik, arreta-puntuko testak ere garatu dira, aparatu handirik gabe komunitatean egin daitezkeen proba azkarragoak. Horiek, tenperatura finko batean material genetikoa anplifikatzen dute 30 minutu baino gutxiagotan. Adibidez, EEBBtako Abbott konpainiak garatu ditu horrelako testak. Bestalde, test antigeniko azkar ugari ere badaude koronabirusaren proteinak detektatzeko. Merkeak eta azkarrak dira baina PCRek baino sentikortasun (kasu positiboak detektatzeko gaitasuna) eta espezifizitate (kasu negatiboak detektatzeko gaitasuna) baxuagoa dute. Aurrerapen teknologiko asko izan dira azken hilabeteotan. Helburua fidagarritasuna hobetzea, prozesua automatizatzea eta test denbora laburtzea da.
Adibidez?
Edizio genetikorako erabiltzen den CRISPR teknologia COVID-19 diagnostikorako moldatu dute Bostoneko MITk, Sherlock deritzon test azkarra garatuz. Geneak aldatzeko baliatu daiteke CRISPR, baina Boston eta Californian teknologia hori diagnostikorako erabili dute; lagin batek birusaren material genetikoa duen jakiteko.
Beraz, genomak aldatu beharrean, berau detektatzea posible da CRISPR teknologiagaz?
Hori da. Artaziak balira bezala, baina oso zehatzak. Koronabirusaren material genetikoa baldin badago, CRISPRen proteinek moztu egiten dute, eta argizko seinale bat eman birusaren genoma laginean dagoen adierazteko. Beraz, test hori oso azkarra omen da. 30 minututan duzu emaitza. AEBetan hasi dira erabiltzen, baimena izan dutelako. Bestalde, DNA irakurtzeko erabiltzen diren sekuentziazio aparatuak ere proba diagnostikorako erabiltzen ari dira hainbat laborategitan. Birusaren genoma osoa irakurtzen dute. Motela da, baina posible da irakurtzea hainbat lagin batera. Dena den, sekuentziazioa egitea orain garrantzitsua da posible delako koronabirusaren mutazioak aztertzea. Mutatzen ari da birusa, oso astiro, gripe arrunta baino bi aldiz astiroago. Aldaketa horien berri izateak txertoa garatzeko informazio baliogarria ematen du, baita birusaren hedapenari buruz ere.
EHUren protokoloa kit komertzialekin egiten diren PCRak bezain fidagarria da”
Nola hobetu PCR testen fidagarritasuna negatibo faltsuak ekiditeko?
PCR testa “urrezko estandarra” da eta honen fidagarritasuna erreferentziatzat hartzen da. PCRak unean neurtutako laginean birusa dagoen detektatzen du. Birusaren batezbesteko inkubazio denbora 5-6 egunekoa da. Pertsona kutsatu berri bada eta karga biriko arbuiagarria badu testak negatiboa izan litezke, baina handik egun gutxira positibo. Hori ekiditeko, lagina karga biriko handiagoa duten tokietan hartu behar da; hala nola sudurrean eta faringean. Erabiltzen den PCR kit eta aparatuaren arabera detetatzeko limitea pixka bat alda daiteke.
EHUk ere garatu zuen diagnostiko test bat, RT-PCRa zena. Zein da PCR batekin duen desberdinatsuna?
Koronabirusaren testuinguruan PCR proba entzuten dugunean, gehienetan RT-qPCR esan nahi da. OMEk gomendaturiko PCR probak RT-qPCR dira. Zer dira letra horiek? Koronabirusaren material genetikoa RNA da, DNA baino apur bat desberdina den molekula, baina informazio bera duena. PCR teknikak DNA anplifikatu dezake soilik; beraz, birusaren material genetiko kopurua neurtzeko, lehenik birusaren RNA DNA bilakatu behar dugu. Hori nahiko bitxia da, naturan normalean DNAtik RNAra pasatzen delako informazio genetikoa. Horregatik, prozesu horri alderantzizko transkripzioa deritzo (inglesez reverse transcription RT). Letra saltsa hori nahikoa ez bada, askotan q esaten zaio (qPCR) adierazteko test kuantitaboa dela; hau da, testaren emaitzak esango digu zehazki zenbat birus zegoen laginean. PCR bat egiteko, aparatuaz gain, hainbat erreaktibo behar dira. Horien artean, laginetik material genetikoa isolatzeko erabiltzen diren kit komertzialak. Kit horien eskasia dela eta, laborategi akademiko askok beste metodo batzuk erabili dituzte birusaren RNA isolatzeko. EHUn ere, kit komertzialik gabe, birusaren material genetikoa isolatzeko metodo bat erabili dute, merkeagoa den isopropanola erabiliz.
Fidagarria da SARS-CoV-2 birusa antzemateko?
EHUk argitaratutako protokoloa balioztatu dute beste laborategi batzuetan (Karlos IIIean, adibidez). Fidagarritasun klinikoari dagokionez, Osakidetzarekin ere balioztatu dute. Beraz, kit komertzialekin egiten diren PCRak bezain fidagarria da.
Test serologikoak (ImG) egiten ari dira PCR testean positibo eman dutenei. Test horiek hobetu daitezke? Zelan?
Test serologiko mota bi desberdindu ditzakegu: alde batetik, etxean egiteko kit azkarrak eta, bestetik, laborategi zentral batean egin daitekeen test immunologikoa. Test azkarrek minutu gutxitan ematen dute emaitza, baina fidagarritasun arazo bat izan dute hasiera batean. Test horiek normalean birusaren proteinez estalitako urrezko nanopartikulak erabiltzen dituzte. Gure begiekin ikus daitekeen kolore aldaketa bat ematen da odolean ImG antigorputzak baldin badaude. Baina detektore bereziak ere erabili daitezke test horien sentikortasuna hobetzeko. Laborategi zentraletan fidagarriagoak diren immunosaikuntzak egin daitezke, ELISA deituriko testa, esate baterako.
Birusa gure artean dago; gogoratu behar da pandemia oraindik ez dela amaitu”
Zergatik da garrantzitsua jakitea herritarren zein kopuruk dituen antigorputzak?
Ez naiz epidemiologoa, beraz, nire iritzia emango dut. Antigorputzen presentziak esaten digu biztanleriaren ehuneko zenbatek pasatu duen gaixotasuna. Prebalentzia jakiteak sintomak izan ez dituzten kasuen kopurua neurtzea ahalbidetzen du. Era berean, gaixotasunaren heriotza tasa estimatzeko balio du. Informazio horrekin epidemiologoek hobeto uler dezakete gaixotasuna nola hedatu den. Bestalde, antigorputzak agertzeak gaixotasunarekiko immunitatea garatu dela adierazi lezake. Immunitatea dagoen ala ez eta antigorputzen iraupena oraindik ez dira ondo ulertzen.
Turismoarekin batera, birusa hedatu daiteke. Pandemia gogortuko dela uste duzu?
Turismoarekin edo turismorik gabe, birusa oraindik gure artean dago. Beraz, garrantzitsua da gogoratzea pandemia ez dela bukatu. Jendeak funtzionatu duten neurriei kasu egiten jarraitzen badu (urruntze soziala, maskaren erabilera…), birusaren hedapena kontrolatu daiteke. Horretarako, agintari publikoek agerraldi berrien aurrean ere goiz eta azkar erantzuteko gai izan behar dute, kontaktuen jarraipena eta testak eginez.
Txertorik ez dago oraindik. XXI. mendean, etxean konfinatzea da pandemia geldiarazteko modurik eraginkorrena?
Konfinamendua beharrezkoa izan da gure osasun sistemak gainezka egin ez zezan. Koarentena Erdi Aroko edo lehenagoko neurria da, baina ikusi dugu horren eraginkortasuna nabaria dela kasuak eta heriotzak gutxitzeko. Pandemia kontrolaturik dagoen neurrian, herrialde osoa konfinatzea agian ez da soluziorik egokiena. Zorionez, XXI. mendean baditugu tresnak agerraldi berrien fokuak aurkitzeko eta isolamendu mugatuagoak egiteko. Epidemiologoek, esaterako, detektibe lan miresgarria egiten dute agerraldi baten jatorria non dagoen ezagutzeko. Kasu positibo bat dagoenean segituan aurkitu behar dira pertsona horren hurbilekoak. Horrela, horiek isolatu eta birusaren hedapena gutxitu daiteke.
Harrigarria izan da mundu mailako elkarlana hain denbora gutxian”
Eta, teknologiaren aroan bizi garen honetan, konfinamenduari alternatibarik ikusten diozu?
Detektibe lan hori asko arindu daiteke egungo teknologiarekin. Adibidez, sakeleko telefonoren bitartez, pribatutasuna errespetatzen duten aplikazioak erabiliz, posible da positiboa den pertsona batek azken 14 egunetan bere inguruan izan diren pertsonak jakinaren gainean jartzea. Hainbat herrialdetan metodo horrek ondo funtzionatu du; adibidez, Hego Korean, Singapurren, Txinan eta orain Alemanian. Mundu digitalaren tresnez baliatuz, birusaren hedapena mantsotu daiteke, guztion inplikazioarekin, jakina.
